牛海綿状脳症(BSE、いわゆる狂牛病)の原因に関係すると考えられている異常
プリオンは、肉骨粉の材料となる部位に多く含まれており、また通常の加熱処理では不活化できないため、材料を採取した動物が「異常プリオンを保有している牛」であった場合は、そこから生産された肉骨粉にも異常プリオンが含まれている可能性がある。その場合、この肉骨粉を牛の飼料として与えると牛海綿状脳症の感染源となりえることが指摘されている。
日本では昔から肉骨粉を牛の飼料としては用いられておらず、牛以外の家畜の飼料や
肥料として使われる事が多かった。しかし、保管・流通段階で牛の飼料に混入したり、不適切な使用により牛に与えられていた事例があったことから、
2001年10月から法律で肉骨粉を含む家畜飼料・肥料の製造・販売が停止された。