この用語が最初に一般的な科学研究論文に現われたのは1999年のことで、このときに、
分子生物学的証拠から、
形態学的な分類である
主獣区(Archonta)から
コウモリ目を除いて、真主獣大目が成立した。
細胞核の主要な
DNA配列解析(Murphy et al., 2001)が真主獣仮説(真主獣大目とされる4目が単系統であるとする仮説)を裏付ける一方、
ミトコンドリア配列は異なる系統樹を描く(Arnason et al., 2002)。しかしながら、
レトロトランスポゾンの
有無のデータは、明らかに真主獣大目を証明する(Kriegs et al., 2007)。