このうち、全く淡水域を出ないものを一次淡水魚、あるいは純淡水魚と呼び、汽水域や海水域から淡水に進出するものを二次淡水魚とよぶ。現世の魚類は約25,000種と言われるが、淡水魚は10,000であり、種数にして40%に達する。
一次淡水魚は海水域を通過できないので、淡水で連なった水系から外に出るのが困難である。人の手による移入を除けば
河川争奪などがない限り他の河川へ移動することはほとんどなく、地域による遺伝的な変異が多い。また、
琵琶湖や
バイカル湖など、いわゆる
古代湖のように淡水域だった歴史が長く、その規模の大きい地域では多くの
固有種が見られる。
アマゾン川の魚の種数は
大西洋全体より多いと言われる。従って、純淡水魚はその分布が広くないものが多い。また、それらの分布は地誌的な影響を強く受ける。淡水魚の
隔離分布には、地誌的な影響を考えなければならない例が多い。たとえばそのもっとも規模が大きい例が
肺魚類で、それぞれ独立の属が南半球のアフリカ、オーストラリア、南アメリカに1属ずつある。これらはこの大陸が
ゴンドワナ大陸として陸続きだったことに起源があると考えられている。