底砂中に排泄物や残餌などが蓄積されてしまう場合があり、それを取り除く際には底砂の攪拌を伴うため底砂中の
有機物等を水槽全体に拡散させてしまうことから、底砂に肥料分を蓄えておく必要のある
水草水槽には構造的にあまり適さないとされる
[プレートに開けられた通水孔に水草の根が絡みついてしまう場合もある。]。また、フィルターの清掃を行う場合には底砂をすべて取り出す必要があるという、ほとんどリセットに近い作業、労力を要する
[もっとも、適切な運用下で清掃の必要が生じるまでには長い期間がかかるので、これをもって底面式の欠点とするのは当たらないであろう。]。フィルターの形状や底砂の状態にもよるが、駆動部から遠かったり流路抵抗が高い部分では水流のよどみが生じるため、濾過機能が低下する。
ポンプ等の駆動部を除けば、通水孔を開けた樹脂製プレートに揚水パイプや吐出口を組み合わせただけという単純な構造であり、アクアリウム用品メーカー各社が製造し安価に販売されている。