しかしながら、現在この分類が使用されるのは教育分野程度である。
1970年代後半以降、
DNAおよび
RNAの解析により、原核生物が系統的に極めて大きく異なる2群より構成されることが示されたことにより、モネラ界は解体に向かった。1977年にモネラ界が2分された6界説、
1990年にはバクテリア(細菌=真正細菌)とアーキア(古細菌)の違いがさらに強調された3ドメイン説が提唱され、それ以来、原核生物の研究者の多くはドメインを好んで使用している。また、3ドメイン説に反対する研究者らも、モネラ界よりは原核生物帝や細菌超界、(古細菌を除く)細菌界を使用する傾向が強く、学術分野においてモネラ界の使用は殆ど見られなくなった。
右の分類表は、1980年代から1990年代初頭にかけて一時使用されていた分類例である。グラシリクテス門が
グラム陰性菌、フィルミクテス(ファーミキューテス)門が
グラム陽性菌(バシラス、クロストリジウム、
放線菌、
デイノコッカス-サーマスなど)、テネリクテス門が無細胞壁細菌類(マイコプラズマ類)、メンドシクテス門が古細菌にほぼ相当する。当時の最新の
分岐学の知識と生化学的性質による分類が反映されているが、テネリクテス門及び分類範囲が変更された
フィルミクテス門を除き、現在ではまず使用されない。
