ニホンカワウソの毛皮は保温力に優れているため、この毛皮を求めて
大正から
昭和初期にかけて乱獲が進み、生息数が激減した。このため、1928年に捕獲禁止となっている。
第二次世界大戦後、
香川県から愛媛県にかけての沿岸部、および
高知県南西部の沿岸部にわずかに生息域を残すのみとなったが、
農薬や排水による水質悪化、
高度経済成長期における周辺地域の開発、河川の護岸工事等により、生息数の減少に更なる拍車がかかった。さらに、漁具による溺死や生簀の食害を防ぐための殺害も、大きな打撃となったと見られる(余談だが最後の個体群は当初漁師だけが知っていた個体群で細々と密猟されていた)。