エルギネルペトンの顎は、elpistostegelian fish と四肢動物双方の特徴をあわせ持っている。股関節や肢の構造は
イクチオステガと似ているが、肩の構造は
ヒネルペトンや
チュレルペトンに類似する。
足(あるいは鰭)の化石は回収されていない。そのため、エルギネルペトンが
パンデリクティスに近縁なのか、それとも他の原始的な四肢動物に近縁なのかははっきり分かっていない。また、エルギネルペトンと同時代のオブルチェヴィクティスは、後の
ファメニアン期に見られる四肢動物とは異なる特徴を備えていた。頭蓋骨の前部の幅はosteolepidid lobe-finned fishesやその他の初期の四肢動物より狭く、一方で頭蓋の長さははるかに長かった。エルギネルペトンやオブルチェヴィクティスは、他の四肢動物の出現する前に起きた
適応放散を表しているのかもしれない。関連する生物として、
板皮類(
ボトリオレピス)、
棘魚類、
ハイギョ、porolepiform lobe-fins、jawless hererostracans がある。