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ウイルスの分類は、生物の分類と同様に常に議論が続けられていくものである。これまでに宿主や症状、伝染方法、ウイルス粒子の形状などを基準に分類されてきたが、今日ではウイルスに含まれる核酸の型と、その発現形式に重点を置く分類が広く用いられるようになっている。これはウイルスによる逆転写を発見した功績でノーベル賞を受賞したデビッド・ボルティモア(1938 - ) によって提案され、現在では国際ウイルス分類委員会の定める分類体系の基本骨格となっている。

◆ ボルティモア分類

通常の細胞性の生物は2本鎖DNAに遺伝情報を保存しているが、2本のうちの1本は冗長である。ウイルスの場合にはゲノムは1本鎖であったり2本鎖であったりする。またDNAではなくRNAを用いている場合もある。1本鎖RNAを用いる場合には、さらに+鎖(mRNAと同様に遺伝子が5'→3'方向に読み取られる)を用いる場合と、-鎖(遺伝子が相補鎖を使って3'→5'方向に読み取られる)を用いる場合がある。ボルティモア分類とは、こうしたゲノムの種類と発現様式によってウイルスを以下の7群に分類するものである。

#2本鎖DNA

#1本鎖DNA

#2本鎖RNA

#1本鎖RNA +鎖

#1本鎖RNA -鎖

#1本鎖RNA逆転写

#2本鎖DNA逆転写

◆ 分類階級

国際ウイルス分類委員会による分類体系では、まずボルティモアによる7群に分けた上で、その中を通常の生物のものと似た分類階級を用いて階層的に分類している。またウイロイドなどについても同様の階層分類を行っている。ウイルスの分類階級は以下の5つのみで、それぞれの学名は括弧内に示す統一語尾を与えられる。生物種の学名とは異なり、ウイルス種の学名は属名を含む必要がなく、単語数にも制約がない。

: 目 (order; -virales)

:: 科 (family; -viridae)

::: 亜科 (subfamily; -virinae)

:::: 属 (genus; -virus)

::::: 種 (species)

ただし目が使われるようになったのはごく最近のことである。国際ウイルス分類委員会の報告書第8版(2005年)には、73科約2000種が知られているが、今のところ10科が3目に所属しているだけで、それ以外のほとんどの科は目に所属していない。

◆ 国際ウイルス分類委員会の分類体系

国際ウイルス分類委員会の報告書第8版(2005年)の体系を示す。第1群と第2群はDNAウイルスとして考えられており、その他はすべてRNAウイルスである。

◇ 第1群 (Group I) - 2本鎖DNA

・ カウドウイルス目 (Caudovirale)

  ・ マイオウイルス科 (Myoviridae)

  ・ サイフォウイルス科 (Siphovirida)

    ・*Rhamda様ウイルス属(Rhamda-like viruses)

    ・*T1様ウイルス属(T1-like viruses)

    ・*T5様ウイルス属(T5-like viruses)

    ・*L5様ウイルス属(L5-like viruses)

    ・*c2様ウイルス属(c2-like viruses)

    ・*PsiM1様ウイルス属(PsiM1-like viruses)

  ・ ポドウイルス科 (Podoviridae)

    ・*T7様ウイルス

    ・**腸内細菌ファージT7 (Enterobacteria pgage T7)

    ・**腸内細菌ファージT3 (Enterobacteria pgage T3)

    ・*P22様ウイルス

    ・**腸内細菌ファージP22 (Enterobacteria pgage P22)

    ・*φ29様ウイルス

    ・**枯草菌ファージφ29 (Bacillus phage φ29)

    ・**枯草菌ファージNf (Bacillus phage Nf)

    ・**枯草菌ファージM2 (Bacillus phage M2)

・ 目未帰属

  ・ ヘルペスウイルス科 (Herpesviridae)

    ・ アルファヘルペスウイルス亜科 (Alphaherpesviridae)

    ・* シンプレックスウイルス属(単純ウイルス属) (Simplexvirus)

    ・**学名:HHV-1 = 一般名単純ヘルペスウイルス1型(HSV-1:herpes simplex virus-1)(口唇ヘルペス)

    ・**学名:HHV-2 = 一般名単純ヘルペスウイルス2型(HSV-2:herpes simplex virus-2)(性器ヘルペス)

    ・* ワリセロウイルス属(水痘ウイルス属)(Varicellovirus)

    ・**学名:HHV-3 = 一般名水痘・帯状疱疹ウイルス(VZV:varicella zoster virus)(水痘・帯状疱疹)

    ・ ベータヘルペスウイルス亜科 (Betaherpesviridae)

    ・* サイトメガロウイルス属 (cytomegalovirus)

    ・**学名:HHV-5 = 一般名サイトメガロウイルス(CMV:cytomegalovirus)

    ・* ロゼオロウイルス属(Roseolovirus)

    ・**学名:HHV-6(突発性発疹)

    ・**学名:HHV-7(突発性発疹)

    ・ ガンマヘルペスウイルス亜科 (Gammaherpesviridae)

    ・* リンホクリプトウイルス属 (lymphocryptovirus)

    ・**学名:HHV-4 = 一般名EBウイルス(EBV:Epstein-Barr virus)(伝染性単核球症、バーキットリンパ腫)

    ・* ラディノウイルス属 (Rhadinovirus)

    ・**学名:HHV-8 = 一般名カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス(KSHV:Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus)

  ・ ポックスウイルス科 (Poxviridae)

    ・ チョルドポックスウイルス亜科 (Chordopoxvirinae)

    ・* オルトポックスウイルス属 (Orthopoxvirus, Vaccinia Subgroup)

    ・** 痘瘡ウイルス (Variola virus)(天然痘 Smallpox)

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