インディオという言葉に侮蔑的な響きがあることから、現在は
先住民のことを
ナティーボ (
nativo,旧来の住人の意)や
プレイスパニコ (
prehisp?nico, スペイン以前の意)、
インディヘナ(
ind?gena,土着の人)などということが多くなってきている。また、
カンペシーノ (
campesino, 都市に住んでいない人)や
アンテセデンテス (
antecedentes, 先祖)という表現をすることもある(いずれもスペイン語。ポルトガル語では、例えばナティーヴなど)。呼称と差別に関する問題については、も参照されたい。
既に述べたように、インディオという言葉には侮蔑的な響きがあり、差別用語であるともされる。
ホセ・デ・サン=マルティン将軍がペルーを解放した時は、先住民をインディオと呼ぶことをやめるべきだといい、一世紀半後に
フアン・ベラスコ・アルバラード将軍の革命政権はこの考えを実践して、インディオと呼ぶのをやめ、カンペシーノ(農民)と呼ぶことを定めた。現在、多くの国では一般的には先住民を表す時にはインディヘナの名称が使われる。しかし、当のインディオの側から自分達の歴史をインディヘナという言葉で消し去られるのは屈辱だという声も聞かれ、言い換えを拒否する動きもある。
人種的に純粋なインディオであってもインディオ的な文化を喪失し、白人やメスティーソに文化的に同化した人はインディオと呼べないのではないかという議論がある。そのような人はインディオと称されることを忌避し、
メスティーソや
チョロと自己規定することが多い。しかし日常会話では、厳密にはメスティーソであるがインディオの人種的特徴を強く持つ人もまとめてインディオと呼ばれるのが一般的である。